細川政元の養子となる。澄之・澄元の家督争いでは澄元を支持するも、その後対立。1508年、大内義興を味方として足利義稙を将軍に擁立する。一時三好之長に京を追われるも再び之長を破り足利義晴を将軍に擁立し実権を握る。
香西元盛を殺害し、波多野稙通・柳本賢治が挙兵し、三好勝長・政長に足利義維を擁して堺に拠り、1531年6月天王寺で三好元長に攻められ自刃